Sede Teresópolis:

A entrada principal do Parque Nacional da Serra dos Órgãos fica na área urbana de Teresópolis, na Avenida Rotariana s/nº (que interliga a BR 116 Rio-Bahia, na altura do km 89,5 à cidade), com acesso bem sinalizado. A entrada do parque fica ao lado da ponte sobre o Rio Paquequer, na entrada da cidade, próximo ao Mirante do Soberbo e ao Portal da Cidade.

Na BR 116, sentido Rio-Teresópolis, na altura de Magé, existe a praça do pedágio administrado pela CRT, com cobrança bidirecional. Há cobrança de pedágio também no sentido Teresópolis-Magé-Teresópolis.

Sede Petrópolis:

A portaria da Sede Petrópolis fica no Bairro do Bonfim, em Corrêas, Petrópolis. O acesso terrestre principal é feito pela BR 040, que liga o Rio de Janeiro (RJ) a Juiz de Fora (MG). Do centro de Petrópolis até a portaria, o acesso é através da Estrada União-Indústria, que margeia o Rio Quitandinha. Deve-se tomar o acesso do Distrito de Corrêas.

Para quem vem de Teresópolis o acesso é através da Rodovia BR-393 (Teresópolis-Itaipava). Chegando-se a Itaipava toma-se a direção do Centro de Petrópolis até o Distrito de Corrêas.

A partir de Corrêas deve-se seguir as indicações do Bairro Bonfim. O acesso é feito por estrada de terra e trechos ruins de asfalto e paralelepípedo. A portaria do parque é a última construção na área mais alta do bairro.

De ônibus a melhor opção a partir do Centro de Petrópolis é tomar um ônibus para o Terminal de Corrêas. De lá existem duas linhas que atendem ao Bonfim – a linha 611 (Bonfim) que tem ponto final a cerca de 1 Km da portaria e a linha 616 (Pinheiral) que chega mais perto, até a Escola Rural do Bonfim.

Sede Guapimirim:

A Sede Guapimirim está localizada no início da subida da serra – Km 98,5 da BR 116, a 74km do Rio de Janeiro. A entrada está localizada à direita da rodovia (sentido Teresópolis) e é bem sinalizada.

O acessoa a partir do Rio de Janeiro se dá pelas rodovias BR-040 (Rio-Petrópolis ou Rio-Juiz de Fora) e BR-116. Na BR 116, sentido Rio-Teresópolis, na altura de Magé, existe a praça do pedágio administrado pela CRT, com cobrança bidirecional (o valor é de R$ 5,40).